Image processing and Image analysis

The Facility provides support and assistance to users for processing, analysis, quantification and interpretation of images.

  • ImageJ and Fiji: freeware for 3-4-5D image processing and analysis with numerous plugins and allowing the creation of customized scripts (macros).
  • Huygens Pro (SVI - Scientific Volume Imaging): software for images deconvolution; it may debrur and denoise images for the knowledge if the optical and physical characteristics of microsopes and samples.
  • Imaris (Bitplane): software for reconstruction and representation 3-4-5D images, and for quantification and manipulation; it is interfaced with Fiji and Matlab.
  • Amira (FEI): software for reconstruction and representation 3-4-5D images, and for quantification and manipulation.
  • Icy: freeware for 3-4-5D image processing and analysis with numerous plugins and allowing the creation of customized scripts (macros).
  • CellProfiler: freeware for quantification of large series of images.
  • Matlab (MathWorks): software for programming numeral calculations allowing the development of advanced processings (image processings, signal processings, statistics) on images. It is interfaced with the Imaris software.
  • CombineZ: freeware for merging the net areas of several images of the same subject to create a composite image with an extended depth of field.
  • Zen (Zeiss) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la même interface qu'avec les logiciels d'acquisition des microscopes Zeiss ; il permet également d'analyser les images.
  • LAS AF (Leica) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la meme interface qu'avec les logiciels d'acquisition des microscopes Leica ; il permet également d'analyser les images.
  • Metamorph Offline (Molecular Devices) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la même interface qu'avec les logiciels d'acquisition Metamorph ; il permet également d'analyser les images.
  • PhotoShop CS5 (Adobe) : logiciel d'édition d'images, permettant de faire de la retouche d'images et quelques traitement d'images.
  • Gimp: logiciel libre d'édition d'images, permettant de faire de la retouche d'images et quelques traitement d'images.
  • VideoStudio Pro (Corel) : logiciel de montage vidéo.

Stations de travail

Les logiciels sont installés sur 3 stations de travail puissantes.

  • Station de travail 2
    Processeur : 2,67 GHz, 4 cœurs physiques ; mémoire : 16 Go.
  • Station de travail 3
    Double processeur : 3,47 GHz, 12 cœurs physiques ; mémoire : 144 Go ; carte graphique : 6 Go.
    Équipée d'un écran et de lunettes 3D, cette station de travail est particulièrement adaptée à la reconstruction et à la visualisation des images 3D.
  • Station de déconvolution
    Processeur : 2,93 GHz, 4 cœurs physiques ; mémoire : 16 Go ; carte graphique : 1,5 Go.

Une tablette graphique est également disponible, facilitant les opérations de segmentation manuelle des images.

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