The Facility provides support and assistance to users for processing, analysis, quantification and interpretation of images.

• ImageJ and Fiji: freeware for 3-4-5D image processing and analysis with numerous plugins and allowing the creation of customized scripts (macros).
• Huygens Pro (SVI - Scientific Volume Imaging): software for images deconvolution; it may debrur and denoise images for the knowledge if the optical and physical characteristics of microsopes and samples.
• Imaris (Bitplane): software for reconstruction and representation 3-4-5D images, and for quantification and manipulation; it is interfaced with Fiji and Matlab.
• Amira (FEI): software for reconstruction and representation 3-4-5D images, and for quantification and manipulation.
• Icy: freeware for 3-4-5D image processing and analysis with numerous plugins and allowing the creation of customized scripts (macros).
• CellProfiler: freeware for quantification of large series of images.
• Matlab (MathWorks): software for programming numeral calculations allowing the development of advanced processings (image processings, signal processings, statistics) on images. It is interfaced with the Imaris software.
• CombineZ: freeware for merging the net areas of several images of the same subject to create a composite image with an extended depth of field.
• Zen (Zeiss) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la même interface qu'avec les logiciels d'acquisition des microscopes Zeiss ; il permet également d'analyser les images.
• LAS AF (Leica) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la meme interface qu'avec les logiciels d'acquisition des microscopes Leica ; il permet également d'analyser les images.
• Metamorph Offline (Molecular Devices) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la même interface qu'avec les logiciels d'acquisition Metamorph ; il permet également d'analyser les images.
• PhotoShop CS5 (Adobe) : logiciel d'édition d'images, permettant de faire de la retouche d'images et quelques traitement d'images.
• Gimp: logiciel libre d'édition d'images, permettant de faire de la retouche d'images et quelques traitement d'images.
• VideoStudio Pro (Corel) : logiciel de montage vidéo.

Les logiciels sont installés sur 3 stations de travail puissantes.

• Station de travail 2
  Processeur : 2,67 GHz, 4 cœurs physiques ; mémoire : 16 Go.
• Station de travail 3
  Double processeur : 3,47 GHz, 12 cœurs physiques ; mémoire : 144 Go ; carte graphique : 6 Go.
  Équipée d'un écran et de lunettes 3D, cette station de travail est particulièrement adaptée à la reconstruction et à la visualisation des images 3D.
• Station de déconvolution
  Processeur : 2,93 GHz, 4 cœurs physiques ; mémoire : 16 Go ; carte graphique : 1,5 Go.

Une tablette graphique est également disponible, facilitant les opérations de segmentation manuelle des images.