Traitement et analyse d'images

La Plateforme apporte aide et assistance aux utilisateurs pour le traitement, l'analyse, la quantification et l'interprétation des images.

Logiciels disponibles

  • Imaris (Bitplane) : logiciel de reconstruction et de représentation des images 3-4-5 D, et de quantification et de manipulation d'images ; il est interfacé avec Fiji et Matlab.
  • Amira (FEI): logiciel de reconstruction et de représentation des images 3-4-5 D, et de quantification et de manipulation d'images.
  • Matlab (MathWorks) : logiciel de programmation de calculs numériques permettant le développement de traitements poussés (traitements d'images, traitements du signal, statistiques,...) sur des images. Il est interfaçable avec le logiciel Imaris.
  • Huygens Pro (SVI - Scientific Volume Imaging) : logiciel de déconvolution d'images ; il permet de déflouter et débruiter des images à partir de la connaissance même des caractéristiques physiques et optiques des microscopes et de l'échantillon.
  • ImageJ et Fiji: logiciels libres de traitement et d'analyse d'images 3-4-5 D disposant de nombreux plugins et permettant la création de scripts (macros) personnalisés.
  • Icy : logiciel libre de traitement et d'analyse d'images 3-4-5 D disposant de nombreux plugins et permettant la création de scripts (macros) personnalisés.
  • CellProfiler: logiciel libre pour la quantification de grandes séries d'images.
  • Zen (Zeiss) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la même interface qu'avec les logiciels d'acquisition des microscopes Zeiss ; il permet également d'analyser les images.
  • Metamorph Offline (Molecular Devices) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la même interface qu'avec les logiciels d'acquisition Metamorph ; il permet également d'analyser les images.

Stations de travail

Les logiciels sont installés sur 2 stations de travail puissantes.

  • Station 1 Imaris
    Processeur :
  • Station 3 Imaris
    Double processeur : 3,47 GHz, 12 cœurs physiques ; mémoire : 144 Go ; carte graphique : 6 Go.

Une tablette graphique est également disponible, facilitant les opérations de segmentation manuelle des images.

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