Traitement et analyse d'images

La Plateforme apporte aide et assistance aux utilisateurs pour le traitement, l'analyse, la quantification et l'interprétation des images.

Logiciels disponibles

  • Imaris (Bitplane) : logiciel de reconstruction et de représentation des images 3-4-5 D, et de quantification et de manipulation d'images ; il est interfacé avec Fiji et Matlab.
  • Amira (FEI) : logiciel de reconstruction et de représentation des images 3-4-5 D, et de quantification et de manipulation d'images.
  • Matlab (MathWorks) : logiciel de programmation de calculs numériques permettant le développement de traitements poussés (traitements d'images, traitements du signal, statistiques,...) sur des images. Il est interfaçable avec le logiciel Imaris.
  • Huygens Pro (SVI - Scientific Volume Imaging) : logiciel de déconvolution d'images ; il permet de déflouter et débruiter des images à partir de la connaissance même des caractéristiques physiques et optiques des microscopes et de l'échantillon.
  • ImageJ et Fiji : logiciels libres de traitement et d'analyse d'images 3-4-5 D disposant de nombreux plugins et permettant la création de scripts (macros) personnalisés.
  • Icy : logiciel libre de traitement et d'analyse d'images 3-4-5 D disposant de nombreux plugins et permettant la création de scripts (macros) personnalisés.
  • CellProfiler : logiciel libre pour la quantification de grandes séries d'images.
  • CombineZ : logiciel libre permettant de fusionner les zones nettes de plusieurs images d'un même sujet pour créer une image composite contenant une profondeur de champ étendue.
  • Zen (Zeiss) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la même interface qu'avec les logiciels d'acquisition des microscopes Zeiss ; il permet également d'analyser les images.
  • LAS AF (Leica) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la meme interface qu'avec les logiciels d'acquisition des microscopes Leica ; il permet également d'analyser les images.
  • Metamorph Offline (Molecular Devices) : logiciel de manipulation d'images permettant l'ouverture des images avec la même interface qu'avec les logiciels d'acquisition Metamorph ; il permet également d'analyser les images.
  • PhotoShop CS5 (Adobe) : logiciel d'édition d'images, permettant de faire de la retouche d'images et quelques traitement d'images.
  • Gimp : logiciel libre d'édition d'images, permettant de faire de la retouche d'images et quelques traitement d'images.
  • VideoStudio Pro (Corel) : logiciel de montage vidéo.

Stations de tavail

Les logiciels sont installés sur 3 stations de travail puissantes.

  • Station de travail 2
    Processeur : 2,67 GHz, 4 cœurs physiques ; mémoire : 16 Go.
  • Station de travail 3
    Double processeur : 3,47 GHz, 12 cœurs physiques ; mémoire : 144 Go ; carte graphique : 6 Go.
    Équipée d'un écran et de lunettes 3D, cette station de travail est particulièrement adaptée à la reconstruction et à la visualisation des images 3D.
  • Station de déconvolution
    Processeur : 2,93 GHz, 4 cœurs physiques ; mémoire : 16 Go ; carte graphique : 1,5 Go.

Une tablette graphique est également disponible, facilitant les opérations de segmentation manuelle des images.

Dernière modification 2 Novembre 2015

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